Gut Leidenhausen war bis 1964 ein großer Bauernhof. Seit dem 14. Jahrhundert ging der ehemals von Wasser umwehrte Rittersitz (erste urkundliche Erwähnung 1329) durch die Hände mehrerer adliger Familien.
Der heutige Gebäudekomplex erhielt seine Gestalt im Wesentlichen in der Zeit der Freiherrn von Hatzfeld im 16. / 17. Jahrhundert, der Freiherren von Weichs und der Grafen von Mirbach-Harff im 18. / 19. Jahrhundert. Gut Leidenhausen war bis 1803 auch das Verwaltungszentrum für den gesamten Raum zwischen Bergisch Gladbach und Siegburg.
Nach der Enteignung der östlich des Mauspfades gelegenen Wälder und deren Angliederung an den Truppenübungsplatz verkaufte Theodor von Mirbach-Harff Leidenhausen an Ferdinand Mülhens Senior. Dieser verwandelte aus dem Gutshof einen Wirtschaftshof für das Gestüt Röttgen. Baulücken wurden um 1920/30 mit Stallungen und Scheune gefüllt, sodass der Hof seine heutige geschlossene Form mit den charakteristischen Torbögen erhielt.
1963 erwarb die Stadt Köln das Gut. Das Gelände wurde zu einem Erholungsschwerpunkt ausgebaut. Als besondere Anziehungspunkte entstanden ein Wildgatter für Rothirsche und Wildschweine und eine Station zur Pflege verletzter Greifvögel und Eulen.
1982 wurde im östlichen Scheunentrakt das Naturmuseum „Haus des Waldes“ eingerichtet, dessen museumspädagogischen Raum die Waldschule der Schutzgemeinschaft Deutscher Wald nutzt.
2018 wurde der Umweltbildungszentrum Heideportal Gut Leidenhausen e. V. gegründet. Das UBZ fungiert seither als eine Art Dachorganisation. Mitglieder im UBZ sind die auf Gut Leidenhausen ansässigen Vereine. Ziel des Umweltbildungszentrums Gut Leidenhausen ist es, Naturerfahrungen und handlungsorientiertes Lernen für den verantwortlichen Umgang mit der Umwelt praxisnah und erlebnisorientiert zu vermitteln. Inhaltlich und thematisch liegt der Schwerpunkt im Bereich der Artenvielfalt und Biodiversität.
Der Name „Leidenhausen“ ist ein Ortsname. Er geht auf das 7. bis 9. Jahrhundert zurück und bedeutet „die Siedlung oder der Hof eines Besitzers namens Leido“.
